- 技术支持
电话: 4008108133
-
电话: 010-58256268
-
-
GoTaq® qPCR Master Mix(A6001)疑难排查
相关产品目录号:A6001,A6010,A6020
产品分类:扩增技术介绍
问题类型:技术/操作答疑
产品关键词:qPCR,染料法
曲线不规则?
答:
1) 引物浓度太高,与 GoTaq qPCR Master Mix 试剂不匹配造成的。
2) 降低反应体系中引物的用量,引物终浓度降至 0.2-0.1 μM 会有改善。必要时引物浓度可在 0.3 μM-0.05 μM 范围内进行调整,寻找合适的引物浓度。
3) 而且,在进行Real Time PCR实验时,使用较低浓度的引物还会减少引物二聚体及其他杂峰的出现。注:对于首次使用 GoTaq® qPCR Master Mix 的实验者,建议参考“A6001 试用指导”进行实验。

荧光信号的背景很高?
答:
1) 如图所示,当提取的 RNA 样品纯度不高时会出现。出现这种情况,提示 RNA 样品中有可能污染了基因组 DNA。
2) 染料法 qPCR 的发光原理是染料特异性与双链 DNA 结合,两者结合后染料受激发才能产生光信号。如果 RNA 模板中污染有双链的基因组 DNA,会造成背景较高。
3) 发生这种情况时,可先将 RNA 样品用 DNA 酶消化以去除污染的基因组 DNA,再进行反转录和定量 PCR,结果会有改善。

熔解曲线有杂峰?
答:
1) 熔解曲线的杂峰可能是引物二聚体或其他非特异性扩增,说明引物质量不是特别好。如果优化条件后杂峰消失,则引物仍旧能用于定量实验。如优化后杂峰无法去除,则可能需要重新设计引物。
2) GoTaq qPCR Master Mix 比一般的荧光定量 PCR 试剂更灵敏,有可能检测到其他试剂检测不到的杂峰。而一般的以 SYBR Green I 为染料的荧光定量 PCR 试剂,由于 SYBR Green I 的荧光信号较低,杂峰较低时无法发现,只有把产物跑胶后发现非特异性条带、或做扩增效率的实验发现扩增效率>110%才能确认。
3) 进行 Real Time PCR 实验时,使用较低的引物浓度会减少引物二聚体的出现。建议初次实验时采用0.2 μM 的终浓度(假设单个引物储存液的浓度是 10 μM,则每 20 μl 反应体系需加入 0.4 μl 引物)进行,如果出现引物二聚体,可将引物浓度进一步降低至终浓度 0.1 μM。

荧光信号升高太高,超出检测范围?
答:
1) ABI 仪器,除 7500 和 7500FAST 之外其他的型号,如 7300、7900、StepOne、StepOne Plus 需要高浓度校正荧光染料,应加入 100×CXR 至 1×。
2) 而对于 ABI 7500/7500FAST 和 Roche、Bio-Rad、Stratagene 等其他品牌的仪器,GoTaq qPCR Master Mix 试剂已经预混低浓度的校正荧光染料,不需要再加CXR。

检测灵敏度不如 TAKARA/TOYOBO?
答:
1) GoTaq qPCR Master Mix 热启动所需的最短时间是 2min,而 TAKARA 和 TOYOBO 由于 Taq 酶不耐热,热启动时间最长只能做到 2min。
2) GoTaq qPCR Master Mix 的热启动酶由于耐热性好,热启动的时间可以设置的更长。延长热启动时间至 10min 左右对 GoTaq qPCR Master Mix 更合适。
3) 同时,延长热启动时间使模板的预变性时间增加,更加有利于解除模板本身的二级结构,提高检测的灵敏度。
4) 模板更彻底变性会使扩增效率更加接近 100%。

扩增曲线没有平台期?
答:
1) 如右图所示,在扩增曲线的线性(Linear)显示方式下,如果 Ct 值出现较晚(红色箭头指示的曲线),会看不到明显的平台期。但 Real Time PCR 计算 Ct 值是通过阈值(绿色水平线)与扩增曲线指数期的交叉点进行的(绿色箭头所示)。所以没有平台期不妨碍 Ct 值的计算。
2) 把扩增曲线以对数(Log)显示会使平台期更便于观察。同时扩增曲线的对数图(Log 显示)是更标准的显示方法。扩增曲线的指数期经过对数变换后会变成直线,更方便分析结果(绿色箭头所示)。
3) 如果研究者一定要在线性图下看到比较明显的平台期,可增加循环数至 45-50。平台期会比较明显。
4) 任何一个 PCR 反应,随着反应的进行,由于酶活力的降低,dNTPs、引物的消耗,产物的累积,一定会到达平台期。GoTaq 扩增系统由于酶活力持久,信号强、曲线升的更高,平台期的到来可能会稍晚。
